就是逐渐剥夺正印官的司法权，将司法权归属于法司而非地方官府，州县正印专注于行政。
而按察使司最重要的职能就是统帅一省的巡检司和管理户帖，统计人口，这是朝廷赋予按察使司的重要权力，朱载坖很清楚，按察使司在地方的重要职能是维护治安，而治安的维护主要就是通过各个巡检司来完成的，对于盗匪的缉捕、剿灭，是按察使司的重要职能，负责巡检司的按察副使要负责对于一省的盗匪剿灭、户帖登记、巡检司的训练，同时和地方官府协调，对于大股的流寇，与地方官府、卫所一道予以扑灭。
对于按察使司下设的各道，也要予以统一，将清军和整饬兵备合二为一，称整饬兵备清军道，负责辖区内部的清军、缉捕逃兵、核实军籍、检查军储、军器等事项。
还有就是驿传道，负责整顿辖区内部的驿站，保障朝廷的文书转递，除此之外，重要的就是总督、巡抚衙署的官吏配置，之前这两个职务都是钦差性质，总督、巡抚衙门都没有一定之规，完全是随心所欲的设置，巡抚衙门未设佐贰官，日常事务由六房书吏及幕友处理，正式编制仅巡抚一人。
之前很多督抚也强调：“官府衙门不能不用吏役，外官衙门不能不兼用幕宾，得其人可收指臂之助，非其人遂成切身之害。”
但是当过多年督抚的右都御史杨继盛直接指出这种情况的弊端，他说道：“陛下，吏役之设，各衙门不能不用，但官用之以任使，百姓畏之如虎狼，且此等人数既多，平日更可倚仗官势朋比为奸，无弊不滋，无恶不作。”
这些部院重臣们大多都有督抚经历，对于总督、巡抚衙门的设置还是有一些经验的，虽然总督、巡抚衙门的架构大多和督抚们的习惯有关，但是还是有一定之规可循的，首先就是人员，督抚衙门中主要有三种人，其一是督抚延聘的幕客，有的充当参谋顾问，有的分管各项具体工作，是衙门中高级办事人员；其二是胥吏，胥吏是衙门中负责办理某项事务或办理文书的书吏；其三是衙役，这是衙门中低级的专司拘提奔走的人员。
其次就是内设部门的设置，这点上各督抚衙门都是大同小异的，督抚衙门的办事机构一般设有吏、户、礼、兵、刑、工六房
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