建文二年（1400年），朱棣围困济南三个月，始终难为破城。姚广孝命人传信朱棣，道：“将士已有疲惫，或应及早班师。”
朱棣纳其言，于是退兵回北平。
后之燕军又在东昌（今山东聊城）战败，大将张玉战死，朱棣无奈再次退军。
当时，朱棣本意欲要暂为休整，可姚广孝却反其道行之，极力劝谏继续进军，遂才有击败盛庸，攻破西水寨。
后姚广孝乘胜进言朱棣曰：“不作攻城死打，理应速取京师。京师兵力单薄，定可攻成！”
朱棣采其建议，于淝水、灵璧连败南军，并渡江进入京师，一举建功成事！
靖难之役后，建文四年（1402年），朱棣称帝，是为明成祖。
姚广孝则被任命为僧录司左善世。
永乐二年（1404年），姚广孝拜资善大夫、太子少师，并复姓为姚，赐名广孝。
成祖每每与其交谈，都称其为少师，而不直呼其名。
后来，成祖命姚广孝蓄发还俗，被姚广孝拒绝。
又赐府邸、宫女，姚广孝俱不接受，仍只居于寺庙中，上朝便着朝服，退朝续换回僧衣。
他到苏湖赈灾时，前往长洲，将获赐的黄金亦全部分发给宗族乡人。
此后，明成祖往来于南京、北京之间，并几次征伐蒙古，姚广孝都留置南京，辅佐太子朱高炽监国。
永乐五年（1407年），姚广孝又奉命教导皇长孙朱瞻基。
永乐十六年（1418年），姚广孝病重，不堪上朝，居庆寿寺中。
成祖数次前去探视，赐金唾壶，并问及无有旁个要求。
姚广孝道：“僧人溥洽被关牢中愈久，望可赦免于他。”
而那溥洽是建文帝的主录僧。
当初，成祖进入南京，有人说建文帝装成僧人逃走了，溥洽知此事，有人亦传建文帝乃就藏于溥洽家中。遂皇上便以其事为由禁锢溥洽，而命给事中胡濙等到处寻觅建文下落，一直无果，溥洽业被下狱已有十余年。
直到这时，成祖方应姚广孝之求，下令释放于他。姚广孝叩首拜谢。
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