最后海瑞要求实行考成法，同时针对各部院各职务制定考成标准，依照考成的结果来决定官员的升迁罢黜。
朱载坖收到海瑞的奏疏之后，御批道：“此议可行，着内阁与各部院商议。”
然后朱载坖先是处理大明国史的问题，陈以勤和潘晟、王世贞向朱载坖列了一个详细的国史大纲，将大明国史在编撰过程中的一些重要问题要说明，当然朱载坖最关心的就是靖难和大礼议部分，陈以勤等人详细向朱载坖说明了国史的编撰思路。
就靖难而言，陈以勤等人基本上是以奉天靖难纪作为对于靖难时期各种事情的记述原则，这点朱载坖是认同的，不过在靖难的原因上，朱载坖和陈以勤等人有一点区别，以往的说法都是少帝昏聩，要大肆屠灭藩王，成祖不得已以太祖祖制起兵靖难，一匡天下。
朱载坖则认为要将少帝在太祖驾崩之后种种不合礼法的举动都要写进去，还有齐泰、黄子澄、方孝孺等人的丑态也都写进去，朱载坖认为少帝不是没有忠良，他是有而不能用，盛庸、平安、铁铉、瞿能、徐辉祖，哪个不是忠臣良将？但凡少帝能够信重他们，何至于斯？
所以成祖为什么靖难？是因为当时的朝廷已经是昏君佞臣，国事日非了，不仅成祖本人的安危存亡在一线之间，太祖所创立的大明基业也在一线之间了，所以成祖才奉太祖之遗意，起兵靖难，非为朱家一姓之尊荣，实为大明千秋之基业也！
朱载坖认为，是要对部分少帝臣子寄予同情，但是不是同情齐泰、黄子澄、方孝孺等人，他们是祸国乱首，真正值得同情的是盛庸、平安、铁铉、瞿能、徐辉祖等人，他们忠臣良将不能得遇明主，令人扼腕叹息。这才是值得同情的。将少帝与其亲信的昏聩和这些忠臣良将有志不能申，有才不能用两相比较，才能明白成祖靖难之意。
至于世宗睿宗的世系问题，朱载坖认为在嘉靖朝已经有过很明确的讨论了，朱载坖只重申一点，世宗是奉武宗皇帝遗诏继位的，武宗遗诏是怎么说的？
遗诏原文是：“皇考孝宗敬皇帝亲弟,兴献王长子厚熜聪明仁孝,德器夙成,伦序当立,已遵奉祖训兄终弟及之文,告于宗庙,请于慈寿皇太后与内外文武群臣合谋同
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