朱载坖命令将驻扎在南京的操江水师升格为长江水师，同时以南京兵部尚书参赞机务加南京左都御史衔总督操江，同时将原操江水师分为重庆水师、武昌水师、九江水师、南京水师和江防水师五镇，负责在长江上维护治安，打击私盐和走私，截断这些私盐贩子通过长江运输私盐的路径。
而在运河、钞关、直道上，则由巡检司和钞关负责查禁私盐，而且在地方上盐法道也要承担起查禁私盐的责任来，朱载坖和重臣们都很清楚，地方的衙役、巡检，对付一般的私盐贩子尚且能行，要是遇到武装贩运私盐的亡命之徒，他们还真不是对手，必须要借重于朝廷官军才行。
刑部尚书王世贞奏请，加盐法道整饬军务衔，准予盐法道调动一千以下的朝廷官军剿除这些私盐贩子，要是遇到大股盐枭，可以直接请求巡抚动用王命旗牌，调动驻防官军予以剿灭，对于私盐，朱载坖很清楚，只要先动用雷霆手段，将现在大明猖獗的私盐贩运给狠狠打击下去才行。
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