在南京礼部的筹备之下，很快就拟定了祭祀孝陵的相关仪注，朱载坖率领南京的文武百官和勋臣们，前往孝陵祭祀，朱载坖从孝陵红券门，降辇由左门入，升舆，群臣从由红券门并金门、陵门之右门进入。
朱载坖穿青袍乘板舆到孝陵外东，降舆。在礼部官员们引导下向孝陵祭祀。其实和祭祀嘉靖的过程没任何区别。
导引官导朱载坖至殿左门外，典仪官唱：执事官各司其事，内赞官引导上皇至拜位，奏就位。
奏诣前，内赞官引导朱载坖到香案前，奏上香，朱载坖三次上香，跪拜结束。
随后内赞官奏复位，奏四拜。传赞百官和典仪唱奠帛，行初献礼。
后内赞引导朱载坖至御案前，奏献帛，结束后再引导皇上至太祖高皇帝御座前，奏献爵，讫。引导皇上至太祖高皇后御座前，奏献爵，结束后奏复位，奏跪。
传赞众官皆跪，赞读祝，奏俯、伏。传赞百官同典仪唱亚献礼、终献礼。执爵者代献，讫。
内赞官奏四拜，传赞百官同典仪唱，读祝官捧祝，进帛官捧帛，各诣燎位，朱载坖退拜位之东。捧祝帛官出殿门，内赞奏礼结束。
结束祭祀之后，朱载坖从原路返回，而百官们由小旁门退出，守臣下之分。
结束了祭祀之后，朱载坖到了督师衙署之中，从杭州赶来的浙江巡抚王崇古也赶到了南京，朱载坖于是和随驾的重臣一道召见了王崇古，朱载坖问道：“听说浙江的新政，推行的不太顺利，是怎么回事？”
王崇古赶紧上前请罪道：“陛下，此臣之过也！”
朱载坖摆摆手说道：“朕不是来问罪的，新政推行受阻，是什么原因？”
王崇古向诸位重臣解释了其中的原因，第一点就是浙江的士绅们认为赋役折色太少，浙江和苏松不同，浙江山多田少，素有七山一水两分田之称，和苏松盛产稻米，百姓愿意用本色缴纳赋税不同，浙江除了靠近苏松的嘉兴、杭州、湖州、绍兴等府地势稍微平坦，盛产粮食之外，其余州县的粮食都比较紧张。
而且浙江商贸繁盛，白银货币化程度高，胡宗宪总督浙直的时候，就从浙江征收了大量的银两，浙江百姓
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